研究发现，肠道菌群介导了生酮饮食的抗癫痫作用，较多研究发现癫痫患者的拟杆菌减少，生酮饮食可增加拟杆菌丰度，可能是其有效机制之一。FMT或益生菌对多个不同发病机制的癫痫模型鼠均有抗癫痫发作的作用，说明肠道菌群可能是不同癫痫治疗的共同、重要靶点。